Grundlage jeder Diagnostik ist eine gründliche körperliche Untersuchung mit eingehender Inspektion der Haut.
Die Diagnose einer Mastozytose basiert auf einer histologischen Untersuchung der betroffenen Organe, Routinelaborparametern und Bestimmung der Serum-Tryptase, eines speziellen Markers für die Vermehrung von Mastzellen. Bei einem erhöhten Tryptasespiegel ist das Vorliegen einer systemischen Mastozytose wahrscheinlich. Bei Verdacht auf eine Mastozytose und sichtbaren Hautveränderungen sollte eine Hautbiopsie zur histologischen Untersuchung entnommen werden.
Bei Beginn der Erkrankung im Erwachsenenalter ist eine gründliche Knochenmarkuntersuchung zu empfehlen. Bei der kindliche Mastozytose sind diese Untersuchungen in den meisten Fällen nicht notwendig.
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